Una vez que el BIOS comprueba las condiciones de funcionamiento de los diferentes dispositivos del ordenador, si no encuentra nada anormal continúa el proceso de arranque del ordenador, cuya información se encuentra grabada en una pequeña memoria ROM denominada CMOS.
Para comenzar el proceso de inicialización, el BIOS localiza primeramente la información de configuración del CMOS, que contiene, entre otros datos, la fecha y la hora actualizada, configuración de los puertos, parámetros del disco duro y la secuencia de inicialización o arranque. Esta última es una de las rutinas más importantes que contiene el programa del CMOS, porque le indica al BIOS el orden en que debe comenzar a examinar los discos o que guardan la información para encontrar en cuál de ellos se encuentra alojado el sistema operativo.
En los ordenadores personales actuales, el BIOS está programado para que se dirija primero a buscar el "boot sector" o sector de arranque al disco duro,que contiene las instrucciones necesarias que permiten realizar el proceso de carga en la memoria RAM de una parte de los ficheros del sistema operativo que se encuentra grabado en la partición del disco duro y que permite iniciar el proceso de carga, y el inicio del ordenador
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